Маргарита Еськина сотрудничает с ведущими музыкантами и коллективами Москвы: Сергеем Полтавским (альт, виоль д’амур), Татьяной Барсуковой (сопрано), солисткой Большого театра Александрой Дурсеневой (контральто), Артемом Дервоедом (гитара), Дмитрием Муриным (гитара), Натальей Тимофеевой (виола да гамба), ансамблем духовной музыки «Благовест», Хоровой капеллой им. Юрлова.

Стажировалась и участвовала в мастер-классах видных органистов и клавесинистов: Кристофера Стембриджа, Ги Бове, Юна Лаукквика, Даниэля Ротта, Боба ван Асперена, Кетила Хаугсанда, Элизабет Жуайе, Дмитрия Голдобина и др.

Выступает как органистка и клавесинистка с сольными концертами в городах России и Украины (Киров, Самара, Казань, Светлогорск, Новосибирск, Челябинск, Санкт.-Петербург, Москва, Саратов, Красноярск, Томск, Донецк, Днепропетровск, Харьков и т.д.).
Программа исполняется на органе и клавесине-оттавино — реплике фламандского инструмента 1593 года. Голос клавесина трудно перепутать с каким-либо другим инструментом — он особенный, блестящий, хрустальный.

В программе:
И. С. Бах. Прелюдия и фуга до мажор BWV 545;
И. С. Бах. Фуга из Сонаты All’ imitatio Gallina Cuccu BWV 963 («в подражание Курице и Кукушке»);
И. С. Бах. Хоральная фантазия из собрания Ноймайстера «Ach, Gott und Herr» («Ах, Господь и Господин») BWV 714;
И. С. Бах. Aria variata alla maniera Italiana BWV 989 (Ария с вариациями в итальянской манере);
И. С. Бах. Токката и Фуга ре минор BWV 565;
Б. Пасквини. Toccata con lo Scherzo del Cucco («Токката и Скерцо на мотив Ку-ку»);
Д. Фрескобальди. Токката Aria detto baletto;
А. Вивальди, И. С. Бах. Концерт для органа ре минор BWV 596.